Для данного практикума я выбрала белок вируса клещевого энцефалита NS2B. Во время репликации вируса геном флавивируса транслируется как предшественник одного полипротеина, который должен расщепляться на отдельные белки протеазами-хозяевами и комплексом вирусной протеазы NS3 и его кофактора NS2B. Поскольку такое расщепление является обязательным этапом жизненного цикла вируса, протеаза флавивируса является привлекательной мишенью для разработки противовирусных препаратов. Комплекс NS2B-NS3 обладает как протеазной, так и хеликазной активностями и отвечает за опосредованное вирусными ферментами расщепление полипротеина.
Из базы данных Uniprot я взяла последовательность NS2B в геноме вируса клещевого энцефалита. Судя по картинке, предсказано два трансмембранных участка.
Рис 1. Предсказание трансмембранных участков с помощью сервиса TMHMM
Структура была взята в банке OPM
